灵芝孢子粉和灵芝是指的多孔菌科真菌灵芝子实体的不同部位，灵芝一般是对灵芝子实体的统称，灵芝又分为青芝、黄芝、赤芝、白芝、黑芝和紫芝，而灵芝就是对这所有灵芝的统称，灵芝孢子粉则是灵芝在生长成熟时由菌盖下方弹射而出的灵芝的种子——灵芝孢子，那这两种有什么区别呢？哪个效果更好呢？
灵芝的子实体一般是作为材来应用，在我国有很悠久的用药历史，是我国传统滋补材之一，具有安神、止咳、强身等功效，一般和其他配伍成不同的方剂应用在不同的人身上，起到不同的配伍目的，发挥不同的功效，一般待情康复后，即可停止。而现代也有很多人选择单独用灵芝子实体切片泡水或者入药膳，虽然灵芝子实体也可以泡水，具有一定的保健功效，但是说实话，灵芝子实体在单独应用时效果非常微弱，需要长期大量喝才能起到真正的起步效果，所以灵芝多以配伍的形式和其他一同来用，来发挥它的价值。
那灵芝有价值的部分在哪里呢？灵芝有价值的部分就是灵芝的种子——灵芝孢子了，这个由灵芝生长成熟之后在灵芝的菌盖下方弹射而出的种子灵芝孢子粉，经现代食用菌学研究发现，灵芝菌盖下方弹射出的灵芝孢子，具有灵芝的全部遗传活性，同时还积聚了灵芝的全部精华——灵芝三萜，除了灵芝三萜含量丰富同时还有灵芝多糖、氨基酸、肽类以及核苷类等等，这些营养物质的存在是灵芝子实体的70多倍，因此也是作为目前养生保健单独应用为广泛的，灵芝的这些营养物质对人体免疫力的修复以及提高有着非常大的作用，是灵芝的精华所在。
所以，如果是想单独保健来用的话，以灵芝孢子粉为主，而入药时，可以由中医大夫结合不同的症来选择灵芝配伍其他材，只有“物尽其用”才能发挥它高的利用价值。